Model homologi juga boleh digunakan untuk mengenal pasti perbezaan halus antara protein berkaitan yang belum semuanya diselesaikan secara struktur . Sebagai contoh, kaedah ini digunakan untuk mengenal pasti tapak pengikatan kation pada Na+/K+ ATPase dan untuk mencadangkan hipotesis tentang pertalian pengikatan ATPase yang berbeza.
Apakah model homologi digunakan?
Pemodelan homologi ialah salah satu kaedah ramalan struktur pengiraan yang digunakan untuk menentukan struktur 3D protein daripada jujukan asid amino. Ia dianggap sebagai kaedah ramalan struktur pengiraan yang paling tepat. Ia terdiri daripada berbilang langkah yang mudah dan mudah digunakan.
Apakah pemodelan homologi dan mengapa ia diperlukan?
Pemodelan homologi memperoleh struktur tiga dimensi protein sasaran berdasarkan persamaan antara templat dan jujukan sasaran dan teknik ini terbukti berkesan apabila ia datang untuk mengkaji protein membran yang sukar untuk dihablurkan seperti GPCR kerana ia memberikan tahap pemahaman yang lebih tinggi tentang …
Bagaimanakah anda melakukan model homologi?
terdapat beberapa langkah yang terlibat dalam pemodelan homologi
- pemilihan templat menggunakan jujukan sasaran anda. Untuk tujuan ini, anda boleh melakukan carian BLASTp terhadap semua struktur protein yang tersedia (PDB). …
- Penjajaran templat dan jujukan sasaran. …
- Kualiti model anda. …
- Pemurnianmodel anda dengan sewajarnya.
Apakah yang menjadikan Pemodelan homologi yang baik?
Jika kita mentakrifkan "model homologi yang sangat berjaya" sebagai model yang mempunyai <=2 Å rmsd daripada struktur empirikal, maka templat mesti mempunyai >=60% identiti jujukan dengan sasaran untuk kejayaan kadar >70%. Walaupun pada identiti jujukan tinggi (60%-95%), sebanyak satu daripada sepuluh model homologi mempunyai rmsd >5 Å lwn.
